Significa hacer o decir cualquier cosa que provoca ya el fracaso definitivo y rotundo de alguien que andaba ya en declive o en trance claro de fracasar, como si dijéramos, rematar a alguien. Es expresión taurina. La puntilla es una especie de puñal corto.

Ejemplo: Hoy todo ha ido mal: no tenía agua caliente, se terminó el café y la noticia de un examen que no esperaba me ha dado la puntilla.

Nos guste o no la tauromaquia, lo cierto es que es una fuente de expresiones idiomáticas del español, pues el mundo taurino está muy arraigado – desde antiguamente- al español.